同其他影像學檢查都存在不同程度和方面的局限性一樣，TCD也有自己技術上的弱點，在檢測手段上有一定的局限性，是一種類似于盲探的檢查方法，不能直觀了解血管的走行及管腔情況。

　　比如說當左側VA直接起源于主動脈弓，此時可以有左側SubA狹窄但不出現患側VA血流返轉;或如果存在對側VA起始段狹窄，此時可以有患側SubA狹窄卻不出現VA血流返轉時，TCD不如DSA和CTA等影像學檢查那么直觀，這樣就有可能導致誤診和漏診的發生。

　　此外TCD雖然可以觀察到SSS顱內外血流動力學變化情況，但對于血管的狹窄程度或已經閉塞的血管的檢測敏感性的判斷要差些，因此單純依賴TCD進行精確定位定量及病因判斷就會有一定的困難。

　　此外TCD檢測結果的可靠與否，在很大程度上要依賴于操作者的操作經驗和檢查水平，依賴于操作者對于血管解剖基礎、的臨床了解程度和操作手法以及綜合分析判斷能力，當然不同儀器設備的敏感性及設置也十分重要。

　　因此當運用TCD發現血流頻譜的異常改變從而檢查有SubA盜血后，在結合受檢者臨床表現的情況下有條件者可以建議受檢者行CTA、DSA等進一步的影像學檢查以明確檢查，從而為接下來如何選擇進一步的檢查措施奠定基礎，并避免誤診與漏診的出現。

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